La faune est aussi diversifiée que la végétation. Dans la toundra alpine, la neige ne disparaît que lorsque l'été est avancé, et la végétation est rare. Plusieurs espèces se sont adaptées au climat rigoureux, y compris la chèvre de montagne, le faucon gerfaut, le lagopède à queue blanche, le lagopède des saules, le pipit commun et le roselin brun. Le cerf mulet, le wapiti des montagnes Rocheuses, le mouflon de Stone, le grizzli et l'ours noir sont communs dans les habitats riches des pelouses et dans les forêts d'épinettes rabougries appelées «forêts de lutins».

Divers ongulés, comme la chèvre de montagne, l'orignal, le caribou et le cerf mulet, sont communs à de moyennes et plus hautes altitudes. Le wapiti des montagnes Rocheuses, le mouflon d'Amérique, le cerf de Virginie et le mouflon de Stone sont moins fréquents. Le grizzli et l'ours noir sont les grands mammifères les plus répandus. Les forêts de conifères sont également un habitat important pour les animaux à fourrure comme la martre, le pékan, l'écureuil roux et le carcajou et pour une multitude d'oiseaux qui se nourrissent des graines des conifères, d'insectes de l'écorce et de petits mammifères. Le grand pic, le pic flamboyant, le cassenoix d'Amérique et le bec-croisé rouge sont les espèces communes d'oiseaux.

La forêt-parc de pin ponderosa est source d'habitat pour les espèces qui se nourrissent de graines des grands conifères (cassenoix d'Amérique, petite sittelle et tamia amène), d'insectes de l'écorce (pic flamboyant et pic à tête blanche) ou d'insectes aériens (engoulevent de Nuttall). Le feuillage de la forêt claire laisse passer suffisamment de lumière pour permettre la croissance d'arbustes que consomment volontiers les ongulés qui y hivernent (cerf mulet et cerf de Virginie). De leur côté, les peuplements denses de Douglas taxifolié et de pin ponderosa offrent aux ongulés qui y hivernent un couvert où se réchauffer et à une variété d'oiseaux, à de petits mammifères et aux coyotes une source abondante de graines et d'insectes.

Les prairies de graminées cespiteuses non boisées sont peu étendues comparativement aux forêts adjacentes, mais elles accueillent des espèces fauniques nombreuses et diversifiées, en grande partie en raison de la vaste gamme d'habitats engendrée par la juxtaposition des prairies, d'arbustaies, de terres humides et de forêts. Les prairies constituent également un prolongement vers le nord de la steppe intramontagnarde du Grand Bassin de l'ouest des États-Unis situé au sud. Des espèces méridionales, comme la chauve-souris blonde, la chouette des terriers et le tapaya de l'Est, atteignent les limites septentrionales de leur aire de reproduction. Par ailleurs, on peut voir des espèces boréales comme le harfang des neiges et le gerfaut sur les terrains de parcours en hiver.

L'habitat de nombre d'espèces indigènes a été détruit par l'empiètement et par les pressions exercées par le développement sur les prairies et le bas des versants de nombreuses vallées de cette écozone. En 1995, sept mammifères de cette écozone figuraient sur la liste des espèces vulnérables du Comité sur le statut des espèces menacées de disparition au Canada (CSEMDC). Ce dernier désignait également 10 espèces comme vulnérables ou menacées et quatre autres (pluvier montagnard, moqueur des armoises, chouette des terriers et faucon pèlerin anatum) comme étant en danger de disparition. Quatre espèces de poisson et sept espèces de plante figurent également sur la liste du CSEMDC.