Les espèces végétales des Plaines hudsoniennes varient suivant la zone de latitude et le mode de drainage du sol. Lorsque les forêts boréales et la toundra font place aux basses terres, la végétation ressemble à celle de la toundra arctique, et dans une plus grande mesure, aux forêts de transition de la taïga. Ici, les arbres sont rares et clairsemés.

Les zones dépourvues d'arbres s'étendent sur environ 30 kilomètres au sud depuis la côte, mais des peuplements peuvent pénétrer plus au nord où se trouvent des sites plus abrités, ou bien là où les conditions de drainage sont meilleures et les sols plus profonds. La toundra arctique peut être divisée en faciès caractéristiques du bas Arctique et du haut Arctique. Cette région est essentiellement représentative du bas Arctique. Les terres humides sont dominées par des touffes de carex, de linaigrette et de sphaigne. Des arbustes de bouleaux nains et de saules sont également communs. Les sites plus secs sont colonisés par une strate arbustive basse de rhododendron de Laponie, de camarine noire, d'airelle noire et de ronce petit-mûrier. On relève également la présence d'herbacées comme la dryade, la saxifrage à feuilles opposées et la saxifrage à trois pointes ainsi que la pédiculaire.

Le sud de la toundra est une zone de transition correspondant à la taïga. Dans les basses terres, elle peut être assez étroite ou s'étendre sur une largeur de dizaines de kilomètres. Des peuplements ouverts d'épinette blanche dominent les zones plus sèches, tandis que des peuplements bas de saule, d'épinette noire et de mélèze laricin sont communs sur des sites plus humides et plus exposés.

Les zones basses de la taïga sont identiques aux hautes forêts boréales. Les éléments de base sont de nature boréale, mais la croissance et la productivité sont faibles et les peuplements tendent à être plus ouverts. L'épinette blanche, l'épinette noire, le mélèze et le peuplier baumier sont les arbres les plus communs tandis que les arbustes types sont le saule et le bouleau nain. L'épinette blanche en association avec la cladonie des rennes, les lichens des caribous et la camarine noire couvrent les zones mieux drainées et élevées.