En ce qui concerne la faune, l’un des spectacles les plus frappants dans la Taïga du Bouclier, c’est le retour massif des canards, des huards, des oies et des cygnes pendant leur migration printanière. Les eaux abondantes de la région attirent des centaines de milliers d’oiseaux, qui viennent nicher ou simplement se nourrir et se reposer avant de poursuivre leur voyage vers les aires de reproduction arctiques, plus au nord.

À titre de carrefour bionomique entre deux écosystèmes très différents – le boréal et l’arctique –, l’écozone sert d’habitats relativement variés aux oiseaux. Les lacs, les marécages et les forêts sont entrelacés de zones d’arbustes claires et de cariçaies fort typiques de la toundra. La cohabitation d’espèces d’oiseaux arctiques et boréales rend cette région particulièrement intéressante. À la limite sud de leur territoire d’été, vivent quelques espèces telles que la sterne arctique, alors qu’une foule d’autres oiseaux aquatiques, notamment la sterne pierregarin et le bruant à gorge blanche, atteignent leur limite la plus septentrionale dans la taïga du Bouclier.

Parmi les mammifères de cette écozone, mentionnons le caribou de la toundra, qui émigre du sud de la toundra vers son territoire d’hiver, dans la forêt de la taïga. Près d’un million de caribous des hardes de Bathurst, de Beverly et de Qaminirjuaq, dans les Territoires du Nord-Ouest, ainsi que des hardes de la rivière aux Feuilles et de la rivière George du nord du Québec et du Labrador entreprennent ce voyage tous les automnes et retournent vêler dans la toundra chaque printemps.

Les souris, les campagnols, les musaraignes, les belettes, les canidés et d’autres carnivores, ainsi que tous les habitants de la toundra, notamment le grizzli et le renard arctique, visitent régulièrement les bois de la taïga du Bouclier. En tout, cette écozone est habitée par environ 50 espèces de mammifères.

De plus, les eaux de l’écozone abritent la truite grise, le corégone, l’ombre arctique, la lotte et le brochet du Nord.