En raison de la diversité des habitats, qui vont des denses forêts d’épinette à la toundra arctique, et des sommets de montagnes alpines aux basses terres marécageuses, l’écozone de la taïga de la Cordillère abrite une grande diversité d’espèces animales des climats arctiques et tempérés.

Dans les régions alpines, les mammifères les plus communs sont le Pica d’Amérique, la marmotte des Rocheuses, le grizzli et le mouton de Dall. Les chèvres de montagne, qui ne sont pas vraiment des chèvres mais appartiennent à la famille des antilopes, vivent sur les montagnes dans les régions sud. Pendant le printemps et l’été, les habitats alpins sont peuplés par plusieurs oiseaux adaptés à la toundra, notamment le lagopède à queue blanche, l’alouette cornue et le pipit spioncelle.

Le caribou des forêts, le lynx du Canada, la martre et l’ours noir sont des mammifères communs dans ces habitats forestiers des terres basses. Les oiseaux qui habitent cette zone sont, entre autres, le bec-croisé à ailes blanches, la grive à collier et le geai du Canada. Les habitats des rivières et des terres humides abritent plusieurs espèces d’oiseaux aquatiques, notamment le morillon à dos blanc, le garot à oeil d’or, le colvert et le rare cygne trompette.

Les plaines Old Crow du Yukon forment une partie mineure de cette écozone, mais ce sont d’importants et vastes marécages qui ont été reconnus à l’échelle internationale. Les cygnes, les bernaches du Canada et d’autres espèces nichent et se reposent ici chaque année par dizaines de milliers. Dans cette écozone, un autre spectacle faunique, c’est la migration annuelle des caribous de la Porcupine et de la toundra, une harde d’environ 150 000 animaux qui hivernent dans les forêts nord-ouest.

La preuve que cette écozone est encore sauvage et intacte, c’est qu’elle abrite la plus forte concentration de carcajous, une espèce qui a été appelée créature des régions vraiment sauvages. À l’instar des autres membres de la famille des belettes, ce nomade solidaire est curieux, téméraire et puissant. Il défend férocement sa nourriture contre les attaques d’animaux beaucoup plus grands que lui. Réputé pour le fait d’échapper aux pièges et de voler les réserves de nourriture les mieux protégées, le carcajou fait souvent l’objet des contes de feux de camp dans la région.