Les eaux de l'écozone de l'Archipel arctique baignent le littoral de trois provinces et de deux territoires. Sur le plan biologique, ces eaux sont au moins aussi productives que les terres adjacentes. Comme c'est de cette écozone que les Inuit du Canada tirent la majeure partie de leur nourriture traditionnelle, la chasse et la pêche y demeurent des activités importantes. Même si l'on pense souvent que ce sont les explorateurs européens qui ont «découvert» l'Arctique, il ne faut pas oublier que les Inuit, dont la culture est très riche, étaient déjà là bien avant. L'omble chevalier et le flétan noir assurent l'exploitation des pêches commerciales dans la baie de Baffin. L'exploration et l'exploitation pétrolières et gazières contribuent au développement économique de la région, mais continuent de poser des risques écologiques, surtout dans la mer de Beaufort. À mesure que les prospecteurs connaissent mieux les hautes latitudes, il se peut que l'on découvre d'importants gisements, ce qui soulèverait des questions concernant la migration possible des résidus et des stériles miniers en mer.

Au sud, la réalisation d'autres complexes hydroélectriques sur les cours d'eau se déversant dans la baie James semble inévitable. Les variations de débit et de salinité et la présence de métaux lourds lessivés du sol auront des conséquences sur la portion méridionale de l'écozone. Les répercussions de l'urbanisation se poursuivront, avec l'expansion des populations humaines, surtout dans les secteurs les plus au sud. Le transport à grande distance des polluants atmosphériques en provenance de régions aussi éloignées que le Mexique produit des effets désastreux sur l'Arctique. Les BPC, le DDT et le mercure ne constituent que quelques uns des polluants qui touchent cette écozone, ainsi que d'autres secteurs de l'Arctique.